تا آغاز سده بیستم چون تنها یک جرز سنگی از این کاخ بیرون از خاک بود، آن را کاخ جرزدار نیز می نامیدند.
کف بندی این کاخ از ویژگی های قابل توجه آن است و مرمت های انجام شده در دوره هخامنشی نیز در آن دیده می شود به طوری که هرجا رگه ای در سنگ ایجاد شده آن را تعمیر کرده اند اما باقی مانده های این مجموعه در اثر بی توجهی و گذر زمان در حال از بین رفتن است.
سلیمان محمودی، کارشناس میراث فرهنگی یکی از عوامل تخریب سنگ های باستانی را آب باران عنوان می کند و می گوید: برخی از سنگ های باستانی به حدی قدرتمند هستند که با هیچ عاملی به زودی تخریب نمی شوند اما همین سنگ ها با آب باران به سرعت از هم می پاشند. شاید در نظر اول کسی باورش نشود که آب باران یکی از بدترین عوامل تخریب سنگ ها است اما چون آب روان است می تواند به راحتی در هر جرز و شکاف و درزی وارد شود و شکاف سنگ را بیشتر کند.
وی افزود: اگر آب باران نفوذ کرده در داخل سنگ، یخ بزند، باعث فشار آمدن به شکاف شده و آن درز را بیشتر باز می کند انقدر که ممکن است بخشی از سنگ را به مرور بشکند.
این کارشناس میراث فرهنگی بیان کرد: کاخ اختصاصی کوروش در فضایی باز قرار دارد و بارندگی های اخیر نیز باعث نفوذ آب به داخل پایه ستون های این کاخ و در نتیجه از هم پاشیدگی آنها می شود. برخی بر این باورند که باید روی این مجموعه سقفی به عنوان پوشش قرار بگیرد تا از نفوذ آب باران به داخل این سنگ ها و یخ بستن آن جلوگیری شود ولی برخی دیگر معتقدند که منظر آن از بین می رود.به نظر می رسد هنوز راه حل مناسبی برای نگهداری از کاخ های باقی مانده باستانی توسط متولیان حفاظت از میراث فرهنگی ارائه نشده  و این بناها مدتهاست زیر برف و باران زمستانی رها شده‌اند.